도쿄(東京)에서 장남으로 태어났다. 아버지는 축산업을 했고 생후 7개월쯤 어머니가 정신 장애를 일으키자 어머니의 친가인 외삼촌 부부에게 맡겨진다. 결국 어머니는 33세의 나이로 그가 10세 때에 죽는다. 가난하고 불우한 어린 시절을 보냈으나, 중학생이 된 아쿠타가와는 동급생들과 회람잡지 ≪유성≫을 발간했고, 다년간 성적 우수자로 제일고등학교 문과에 무시험 입학한다. 수재형 모범생으로 보들레르, 스트린드베리, 아나톨 프랑스, 베르그송 등을 섭렵한다.
고등학교 동기인 구메 마사오, 기쿠치 간 등과 함께 제3차 ≪신사조≫를 간행하고 처녀작 ＜노년＞(1914)을 발표하면서 작가 활동을 시작한다. 대표작으로 꼽히는 ＜라쇼몬＞(1915)과 ＜코＞(1916), ＜마죽＞(1916), ＜수건＞(1916) 등을 연이어 발표하며 신진 작가로서의 지위를 확립한다. 작품 ＜코＞는 나쓰메 소세키의 극찬을 받았고, 도쿄대학 영문과를 차석으로 졸업한다. 이후 역사 소설로 역설적인 인생관을 나타내려는 이지적인 작풍을 나타내며, 작가 생활 10여 년간 150여 편의 작품을 남긴다. 복잡한 가정 사정과 병약한 체질은 그의 생애에 어두운 그림자를 드리워 페미니스틱하고 회의적인 인생관을 갖게 된다. 결국 시대에 적응하지 못하고 회의와 초조, 불안에 휩싸여 심한 신경 쇠약으로 ‘장래에 대한 막연한 불안’을 이유로 자살하고 만다. 문예춘추사의 사장이던 기쿠치 간이 죽은 친구를 기리기 위해 매년 2회, 1월과 7월 수여하는 아쿠타가와상을 제정했다.